Une des parties primaires du roman de Puzo qui n’a pas été utilisée pour le film était l’histoire en flash-back des débuts de Don Corleone, y compris son arrivée en Amérique, son mariage et sa paternité, le meurtre de Don Fanucci, et son ascension dans la mafia, qui a été plus tard utilisé dans Le Parrain, 2ème partie.
Beaucoup d’intrigues secondaires ont été éludées dans l'adaptation de la page imprimée à l’écran, incluant :
Les personnages qui ont de plus petits rôles dans le film par rapport au roman incluent Johnny Fontane, Lucy Mancini, Rocco Lampone et Al Neri; ces deux derniers sont réduits à des rôles muets. Les personnages ayant disparu du film sont le Dr. Segal, Genco Abbandando (on y fait seulement allusion, il apparaîtra dans le deuxième volet), Nino Valenti (le meilleur ami de Johnny Fontane, qui mourra d'alcoolisme) et le Dr. Taza de Sicile. Également dans le livre, Michael et Kay ont deux fils, mais dans le film ils ont un fils et une fille.
Le roman et le film diffèrent aussi sur le sort des gardes du corps de Michael en Sicile, Fabrizio et Calo. Le film les fait survivre tous les deux. Dans le livre, cependant, Calo meurt avec Apollonia dans l’explosion de la voiture, et Fabrizio, responsable du meurtre, meurt à la fin comme une des victimes de la célèbre « scène du baptême », tué dans son restaurant en Amérique après qu’il a été retrouvé (on peut voir la scène dans The Godfather Saga, qui a été supprimée de The Godfather Part II).
La fin du livre diffère de la fin du film : tandis que Kay se rend compte que Michael est devenu « comme sa famille », le drame est atténué dans le livre, ou Tom Hagen laisse entendre des secrets pour lesquels, selon lui, il serait tué si elle en faisait la découverte. Pendant la scène de baptême du film, les têtes de quatre des cinq chefs des autres familles sont éliminées. Dans le roman, seulement Barzini et Tattaglia sont tués dans des scène distinctes que celle du baptême. Effectivement, pour des soucis de longueur (en temps) de film monté, Coppola a eu l'idée de rassembler la scène du baptême et des assassinats dans une même séquence, alors que dans le roman les actions se passent à des moments séparés.